হরপ্পা সভ্যতার নগরগুলির বাসগৃহের জলনিকাশি ব্যবস্থা ছিল খুবই উন্নত। প্রতি বাড়ির জল বের হওয়ার জন্য পোড়ামাটির ইটের তৈরি নালি ছিল। এই নালিপথে জল নির্গত হয়ে রাস্তার পয়ঃপ্রণালীতে পড়ত। রাস্তার পাশে গর্ত করে নর্দমা তৈরি করা হত। এই নর্দমা পাথরের ঢাকনা দ্বারা চাপা দেওয়া থাকত। জলের দ্বারা বাহিত আবর্জনাকে আটকাবার জন্য মাঝে মাঝে বিশেষ ধরনের ব্যবস্থা করা ছিল। কোথাও ইটের তৈরি আবর্জনা ফেলার চৌকো চৌবাচ্চা ছিল। এগুলিতে নীচে নামার সিঁড়ি দেখে অনুমান হয় যে, এগুলি পরিষ্কার করার জন্য নাগরিক বন্দোবস্ত ছিল। সিন্ধু নগরগুলির মতো পয়ঃপ্রণালী ব্যবস্থা প্রাচ্যদেশে আর ছিল না। ব্যাসাম মনে করেন যে, সম্ভবত পৌরসভা এই উন্নতমানের জল নিকাশি ব্যবস্থা পরিচালনা করত। কোশাম্বী মনে করেন যে, হরতার পয়ঃপ্রণালী ব্যবস্থা এত উন্নত ছিল যে এই কারণে হরপ্পা সভ্যতাকে মেসোপটেমিয়া সভ্যতা থেকে আলাদা বলা চলে।