হরপ্পা সভ্যতার নগরগুলিতে কী ধরনের শাসনব্যবস্থা প্রচলিত ছিল সে সম্পর্কে কোনো প্রত্যক্ষ প্রমাণ নেই। এ ব্যাপারে ঐতিহাসিকগণ নানা মতামত প্রকাশ করেছেন। বিরাট এলাকা জুড়ে একই ধরনের ঘরবাড়ি, রাস্তাঘাট, ওজন-মাপ দেখে ঐতিহাসিকরা মনে করেন যে, এখানে একটি কেন্দ্রীভূত শাসনব্যবস্থা প্রচলিত ছিল। ড. এস কে সরস্বতী বলেন যে, হরপ্পার নগরগুলির সংগঠন দেখে মনে হয় যে, এখানে একটি কেন্দ্রীভূত প্রশাসন প্রচলিত ছিল এবং এই প্রশাসনই জনগণের জীবন নিয়ন্ত্রণ করত। ড. ডিডি কোশাম্বীর মতে, রাজতন্ত্র বা প্রজাতন্ত্র যাই হোক না কেন, এখানে একটি কেন্দ্রীয় শক্তি ছিল, নতুবা এত উন্নত ও পরিকল্পিত নাগরিক সভ্যতার বিকাশ এখানে সম্ভব হত না। অনেকের মতে, বণিকদের সিম্মু অঞ্চল ছিল একটি সাম্রাজ্য এখানে একটি ধর্মাশ্রয়ী শাসনব্যবস্থা প্রচলিত ছিল। এর কেন্দ্রে ছিলেন একজন পূরোহিত রাজা। তিনি দৈব অধিকারের জোরে শাসনকার্য পরিচালনা করতেন। এইচ ডি শাঙ্খালিয়ার মতে, এখানকার কেন্দ্রীয় শাসন ছিল একজন দৃঢ়, উদারনৈতিক স্বৈরশাসকের হাতে।